Giai đoạn từ 1984-1995

Viện Khoa học kỹ thuật giao thông vận tải (KHKT GTVT) trong giai đoạn đất nước bắt đầu đổi mới. 

Đây là thời kỳ đất nước ta bắt đầu chuyển biến theo hướng đổi mới và sau đó, công cuộc đổi mới ngày một tiến triển mạnh mẽ hơn.
Do nhu cầu về khoa học kỹ thuật của ngành ngày một cao, ngày 29-02-1984, Bộ Giao thông vận tải đã có Quyết định số 402/QĐ/TCCB về việc chuyển và tổ chức sắp xếp lại Viện Kỹ thuật giao thông thành Viện Khoa học Kỹ thuật giao thông vận tải (Khoa học Kỹ thuật GTVT) trực thuộc Bộ. Viện Khoa học Kỹ thuật GTVT là một Viện nghiên cứu ứng dụng về khoa học kỹ thuật trên cả ba lĩnh vực:
- Xây dựng giao thông vận tải;
- Vận tải;
- Cơ khí giao thông vận tải.
 
Lúc này công tác xây dựng tiềm lực cho Viện được tăng cường. Tới năm 1986, Viện đã có 370 cán bộ công nhân với 67% có trình độ từ Đại học trở lên, 20 Phó Tiến sĩ, 03 Phó Giáo sư, 11 Công nhân bậc cao. Viện cũng xây dựng một hê thống cộng tác viên là các nhà khoa học có trình độ ở các trường đại học, các cơ quan nghiên cứu khác.
 
Về tổ chức, Viện có:
- 16 bộ môn khoa học (09 bộ môn nghiên cứu khoa học kỹ thuật xây dựng giao thông, 04 bô môn cơ khí giao thông, 03 bộ môn về kỹ thuật vận tải);
- 01 Phân Viện;
- 01 Xưởng Thực nghiệm chế thử;
- 01 Phòng Thí nghiệm Trung tâm;
- 05 Phòng Nghiệp vụ và 01 Ban Quản lý công trình xây dựng nhà làm việc.
 
Về trang thiết bị, hàng năm, Nhà nước và Bộ cho phép Viện đổi mới dần dần và mua những trang thiết bị có giá trị. Năm 1987, Viện là một trong số ít cơ quan nghiên cứu khoa học kỹ thuật được trang bị riêng một máy tính điện tử. Riêng trong kế hoạch 5 năm từ năm 1996 đến năm 2000, Bộ Giao thông vận tải và Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã duyệt dự án “cải tạo, nâng cấp, mở rộng và đầu tư chiều sâu cho Viện Khoa học kỹ thuật GTVT năm 1996-2000” với tổng kinh phí 31.259 tỷ đồng. Dự án “Nâng cao năng lực kiểm định cầu” do Vương quốc Anh tài trợ và Viện là đơn vị thụ hưởng với kinh phí 990.000 bảng Anh, đã chuyển giao toàn bộ công nghệ đánh giá và kiểm định cầu hiện đại , thiết bị, Know-how và đào tạo.
Kết quả hoạt động của Viện trong giai đoạn này:
- Đã hoàn thành kế hoạch nghiên cứu theo các Chương trình cấp Nhà nước, vốn bắt đầu từ mấy năm trước. Giai đoạn 1991-1995, Viện chủ trì 08 trong số 19 đề tài cấp nhà nước trong Chương trình “Phát triển gioa thông vận tải” KC10; cùng 03 Chương trình cấp Bộ về giao thông vận tải phục vụ nông nghiệp; về kỹ thuật điện tử trong giao thông vận tải và về cơ khí ôtô và hàng năm khoảng 30-50 đề tài lẻ khác.
- Thực hiện nhiều nhiệm vụ đột xuất Bộ giao: đưa ra giải pháp kỹ thuật phục vụ công tác thiết kế cầu đường, xử lý vật liệu xây dựng trong điều kiện cụ thể, phương pháp thi công nhanh và đảm bảo chất lượng … Nhiều công trình ở tầm quốc gia như đề án thực thi về Thiết kế và Công nghệ thi công bảo vệ tôn tạo đảo Đá Tây có ý nghĩa lớn về quốc phòng.
- Viện là một trong nhưng cơ quan nhanh chóng thâm nhập vào nền kinh tế thị trường. Viện đã nhanh chóng nhận rõ thời cơ, vươn lên ở đẩy mạnh công tác tư vấn giám sát và là một trong các cơ quan đầu tiên trên cả nước trong lĩnh vực này.